发酵床分解粪尿是发酵床中的有益微生物新陈代谢的结果。要保障发酵床分解粪尿的效果，就是要保障有益微生物的生存环境。影响的因素有以下几个方面：

（1）菌种活性

发酵床发酵分解粪尿的过程是微生物新陈代谢的结果。所以，发酵菌种活力的高低决定了粪便分解和垫料发酵的效率，是发酵床制作的首要关键因素。

（2）垫料原料：

有益微生物活动繁殖所需要的最佳碳氮比是25：1。猪粪尿的碳氮比是7：1，主要提供氮元素，而且是持续产生的。垫料原料主要提供碳元素，所以其碳氮比越高，有益微生物合成新细胞的速度也就越快、数量越多，垫料的使用效果也就越好，适应年限也就越长。

（3）酸碱度：

发酵床中的有益微生物多是需要中——微碱性环境，PH7.5左右最合适。过酸（PH＜5.0）或过碱（PH﹥8.0）都不利于猪粪尿的分解。土壤和水的酸碱度是其影响的主要因素。

（4）透气性：

发酵床中的有益微生物多是耗氧性微生物，氧气的供给是耗氧性微生物增长繁殖不可缺少的。

（5）水分：

水分是影响微生物生命活动的重要因素，微生物在发酵床垫料的水膜里进行着生命活动。同时，水分也影响垫料内部的养分和微生物的移动，影响发酵效率的高低，也影响空气成分和垫料及猪舍内的温度。上面也提到了水的酸碱度。

（6）厚度：

参与发酵的微生物，通常在30℃以上的环境温度下，增殖变旺盛。所以，垫料床的厚度是决定温度的重要因素，一般要求发酵床垫料厚度为80~100cm（不得低于60cm），占地40平方。

结合实际使用情况来讲，影响的因素有：菌种的选择、垫料原料的物理性质、土壤和水的酸碱度、地下水位的情况、猪只的饲养密度、垫料的含水量、垫料的透气性、猪舍的通风情况、垫料的厚度、单个发酵床占地面积情况、使用过程中的用药情况、消毒剂的使用情况、饲料中含抗生素的情况、猪只粪尿分布情况、整体翻动情况、出栏后的堆积维护情况等。